Echipa de ecologie funcționează încă de la înființarea institutului și acoperă un spectru larg de subiecte forestiere: pedologie și stațiuni forestiere, dendrologie, fiziologie, conservarea și evaluarea biodiversității, adaptarea practicilor de gestionare a pădurilor la condițiile de mediu aflate în continuă schimbare. Cercetările se axează în principal pe studierea relațiilor dintre vegetație și diferiți factori de mediu (factori edafici, climatici) sau antropogeni. Ca răspuns la creșterea interesului pentru o silvicultură rațională și durabilă s-au dezvoltat noi direcții de cercetare în domniul pădurilor virgine în contextul creșterii suprafeței acestora și în domeniul factorilor abiotici care afectează stabilitatea ecosistemele forestiere (doborâturi de vânt, secetă, incendii).